環境資源保護為本系核心能力-生態環境規劃的主軸之一，其領域專長模組如圖3所示，此課程模組在培養學生具備環境資源保護之專業能力，學生應完成五門課程，總學分數十五學分。於基礎課程上，此領域專長模組提供「氣候變遷與環境生態」為永續環境治理之理論與原則；於方法課程上，應具備環境資源保護相關之基礎工具與方法論，包含「環境工程一」、「環境工程二」、「生態毒物學概論」、「農業與環境」及「流域分析與模擬」等五門課（應選兩門課），旨在訓練學生具備氣候變遷對於環境資源保護之因應思維、農業生產環境永續、環境空氣污染防治工程、固體廢棄物防治工程、生態毒物學及綠色循環工程等基礎知識。於應用課程上，此領域專長模組以「永續治理」與「工程、倫理與法律」為主，提供學生關於環境資源工程之倫理與相關法律等實務應用。此領域專長模組涵蓋環境資源保護相關之專業課程，旨在培養學生具備環境資源保護之概念，因此建議學生須先修習普通化學丙、普通生物學、環境化學、生態學等課程（上述要求僅做為修課建議，不影響認證）。此外，以基礎課程「環境工程一」為例，結合方法領域「環境工程二」與「生態毒物學概論」，可具備關於環境工程實務相關知識，對於技術與工程面能有深入瞭解；以基礎課程「氣候變遷與環境生態」為例，結合方法領域「農業與環境」及「流域分析與模擬」，可具備關於永續環境科學相關知識，特別包含環境規劃及永續治理等層面。