「森林土壤學」提供森林環境的核心基礎，可讓修習學生建立森林環境之基本概念，了解森林環境之土壤性質與化育、礦物成分、水分動態、養分元素、土壤有機物、土壤生物與生化等元素。「森林土壤學實驗」則提供學生對於森林土壤學所學之基本土壤性質進行實際操作與分析，實驗課程並包含校內與校外的土壤現地採樣、土壤博物館導覽參觀等，讓學生實際且多面向的了解森林環境。<br>　　進階理論與方法課程包括「森林生態水文學」與「陸域生物地球化學概論」兩門課，第一門課強調森林水分與能量循環，第二門課強調碳循環與養分循環。兩門課程授課內容完整涵蓋森林環境之水分與生物地球化學相關知識，並以物理、化學、生物等生物地球化學作用機制與分析方法，建立領域專長模組之理論架構。除課堂教授外，兩課程皆有分組討論與報告，初步讓學生於森林環境議題中，進行文獻收集、期刊研讀，並分享與論文之研究主題、材料分法、實驗設計、分析技術與結果討論等。這兩門課也會在學期過程中，各進行一次校外參訪與學者邀請(guest speaker)演講，提供學生了解國內最新森林生物地球化學研究的機會，面對面接觸與了解相關學者與研究領域。以陸域生物地球化學概論為例，該課程分別於108-1、108-2、109-1學期中，進行溪州公園平地造林(108-1學期)，花蓮大農大富森林園區森林療育與木工實作 (108-1學期) 與九份二山崩塌地與草屯水土保持教室(109-1學期)等的校外教學活動。<br>　　最後總整課程為「森林環境監測」，本門課程除進階理論與分析方法教授外，並強調野外調查與實驗室分析儀器並重，授課教師具豐富野外調查知識，屢次帶領學生至福山植物園區、林務局烏來工作站與新店溪沿岸，或曾至合歡山進行高山森林生態系的校外教學。課程也多面向地介紹系上森林調查與分析相關實驗儀器，實際培養學生與上述理論課程相關的實務技術或方法。