本系自110學年度第一學期起施行新的大學部課程，其中必修課程已涵蓋機械系統、機電控制、人工智慧與生物程序四大領域。選修課程包括自由選修與系訂選修共30學分。期望透過領域專長模組架構，導引學生選修課程能夠專心致力於某些領域專長，集中學習成效，累積日後從事相關工作的基礎。<br>1) 生機系共計有機械系統、機電控制、人工智慧與生物程序四個領域專長模組。<br>2) 機械系統領域以傳統機械工程為基礎，教授固力、設計、控制與熱流等課程，並應用相關知識於生物、工業課題的解決；研究所部分以高等機械設計、有限元素法為核心課程。<br>3) 機械系統領域課程計有: 熱力學(必修)、機械工作法特論 (新開)、動力機械、工程材料 4門課。學生於熱力學中習得能量轉換、效率相關知識，接續在動力機械中討論汽柴油引擎等動力源，並於機械工作法特論中學習各種先進工具機使用與操作、累積實作能力，日後結合工程材料中介紹之材料特性、選擇使用，成為完整之機械工程人才。<br>4) 機電控制領域主在整合電子、資訊、控制、系統等工程知識，應用於生物產業之學門，提升生物產業之競爭力及自動化水準。研究所的核心課程為自動化系統控制與系統工程。<br>5) 機電控制領域課程計有: 微控制器(必修)、自動控制(必修)、致動器、機器人動力與控制 4門課。微控制器課程中介紹微處理機的使用與程式撰寫，後續應用自動控制理論於致動器之作動控制，並於機器人動力與控制課程中統整與綜合應用。<br>6) 人工智慧領域旨在創新演算程式，使電腦能夠勝任一些需要人類智能才能完成的複雜工作。研究方向包括機器視覺、生物資訊、 醫療影像、智慧農業等課題 。研究所核心課程為影像處理與機器學習。<br>7) 人工智慧領域課程計有: 機率與統計(必修，新開)、人工智慧概論(必修，新開)、資料結構與演算法、智慧型控制。機率與統計以及人工智慧概論奠定了人工智慧、機器/ 深度學習的理論基礎，資料結構與演算法強化了計算機程式語言的程式語言能力，智慧型控制則將人工智慧從虛擬領域帶入了實務的工程問題解析。<br>8) 生物程序領域整合先前材料與程序領域，研究方向包括生醫感測、藥物輸送、組織工程、食品安全、生物廢棄物資源化。研究所核心課程為生物材料學。<br>9) 生物程序領域課程計有: 物理化學(必修)、生物化學概論、生醫儀器分析、生物程序工程。物理化學與生物化學概論了奠下了生物程序相關的理論基礎，後續應用於生醫儀器的解析與設計，並實際應用於生物產業於生物程序工程中實踐。